IrsiCaixa desenvolupa un web per al seguiment de les variants del SARS-CoV-2 a l’Estat espanyol

Més notícies Notícies
03/05/2021

IrsiCaixa desenvolupa un web per al seguiment de les variants del SARS-CoV-2 a l’Estat espanyol

La pàgina web CovidTag, dissenyada per IrsiCaixa, és oberta al públic i permet visualitzar la freqüència de les últimes variants del SARS-CoV-2 a totes els comunitats autònomes espanyoles, així com quantificar el número total de mostres seqüenciades per territori.

Un bon control de la pandèmia passa per una revisió exhaustiva de la prevalença de les diferents variants del SARS-CoV-2. Per aconseguir-ho, l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa, centre impulsat conjuntament per la Fundació "la Caixa" i el Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya, ha creat una nova pàgina web que proporciona una visió detallada de com les variants del SARS-CoV-2 van evolucionant en les diferents comunitats autònomes espanyoles. L’eina, anomenada CovidTag, és accessible al públic i permet obtenir el número total de mostres seqüenciades a cada regió. L’actualització setmanal de la informació és possible gràcies a la base de dades de GISAID, una plataforma que ofereix dades genòmiques globals relacionades amb el SARS-CoV-2.

“Des de l’inici de la pandèmia fins ara s’han seqüenciat a Espanya més de 20.000 mostres de SARS-CoV-2”, explica Marc Noguera-Julian, investigador associat a IrsiCaixa i co-creador de CovidTag. “L’objectiu d’aquesta nova pàgina web és compartir amb tothom i en directe la situació actual de la pandèmia a l’Estat espanyol, tot fent un seguiment geogràfic de les diferents variants que van apareixent”, afegeix.

 

Les variants del SARS-CoV-2, comunitat a comunitat

CovidTag destaca per permetre a l’usuari comparar l’evolució de les variants del SARS-CoV-2 entre les diferents comunitats autònomes espanyoles, així com contrastar la situació d’una comunitat en concret amb la de l’Estat en general. La comparació és possible gràcies a uns gràfics que mostren la prevalença de les diferents variants a cada regió al llarg del temps (Figura 1). Les dades, provinents de la base de dades de GISAID, s’actualitzen setmanalment, i això permet a CovidTag proporcionar una imatge vigent de la situació pandèmica del país.

 

figura_1.jpg

Figura 1 | A l’esquerra, gràfic que representa la prevalença de diferents variants a Espanya en el darrer any. A la dreta, el mateix gràfic en referència a Catalunya.

 

 “La quantitat de mostres seqüenciades pot ser molt dispar entre comunitats autònomes, i això cal tenir-ho en ment a l’hora d’interpretar les freqüències de les variants a cada regió”, remarca Francesc Català, data engineer a IrsiCaixa i co-creador de CovidTag. “D’aquesta manera, com més mostres hagi seqüenciat una comunitat autònoma, més representativa serà la prevalença de cada variant en aquell territori”, aclareix. De fet, en comparació a l’inici de la pandèmia, es veu un augment en el nombre de genomes del SARS-CoV-2 seqüenciats a Espanya.

Gràcies a aquesta nova eina desenvolupada per investigadors d’IrsiCaixa és possible veure com les noves variants que van apareixent van desplaçant a les anteriors. Actualment, per exemple, veiem com la variant B.1.177 (segons la nomenclatura de PANGO lineages), que és la que predominava a Espanya al llarg del 2020, està perdent presència a favor de la variant B.1.1.7, coneguda com a “variant britànica”. D’altra banda, també s’observa com Navarra és la comunitat autònoma que més mostres està seqüenciant per habitant, i com Catalunya és la regió amb més mostres totals seqüenciades de tot el territori espanyol (Figura 2).

 

figura_2.jpg

Figura 2 | Mapa d’Espanya on es marca en vermell fosc les comunitats autònomes que més seqüencien per habitant i, en vermell més clar, les comunitats que menys.

 

Anticipació i mesures de contenció més eficaces

Gràcies a la seva informació, CovidTag passa a ser una eina potencialment útil no només pel personal sanitari i investigador a l’hora d’implementar estratègies de prevenció i dissenyar estudis, respectivament, sinó també per la població general interessada en fer un seguiment actualitzat de les variants del SARS-CoV-2.

“Una de les coses que ens ha ensenyat aquesta pandèmia és la necessitat de prendre mesures de restricció a temps per tal de mantenir el virus a ratlla i evitar al màxim l’aparició de noves variants”, comenta Roger Paredes, investigador principal a IrsiCaixa. “Eines com CovidTag són essencials per implementar accions de contenció de manera anticipada, ja que gràcies a elles es poden prendre decisions de manera informada i prevenir l’aparició de noves variants o l’expansió de les que ja existeixen”, conclou.

Subscriu-te a la newsletter

Back to Top
Irsi Caixa

Impulsat per:

Fundació 'La Caixa' Generalitat de Catalunya - Departament de Salut

 

HR Excellence in Research

Membre de:

Cerca

Amb la col·laboració de: